Der Ort Konradsheim verdankt seinen Namen jenem Konrad von Peilstein, der sich im 12. Jh. hier auf diesem Felsen eine mächtige Burg erbauen ließ. Die Peilsteiner Grafen waren die Vögte der Freisinger Bischöfe über deren Besitzungen im Ybbstal. Die Errichtung der Burg erfolgte allerdings ohne Erlaubnis des Grundherrn, sodass sich ein langer Streit bezüglich der Rückgabe der Burg (und des Marktes Waidhofen) über Generationen dahinzog. Erst das Aussterben der Peilsteiner (1208) und ihrer Seitenlinie, der Möhringer, (1218) brachte die Burg Konradsheim wieder an Freising.
Bis zur Zerstörung der Festung hatte der Burggraf auch das Amt eines Landrichters inne. Das Ende der Burg führte Herzog Rudolf IV. (1339-1365) herbei: Dem Habsburger war das freisingische Herrschaftsgebiet ein Dorn im Auge. Er ließ 1360 die Burg Konradsheim zerstören. Auch wenn er sich auf dem Sterbebett mit dem Freisinger Bischof aussöhnte und seinen Brüdern die Wiedergutmachung des Schadens auftrug, wurde die Erlaubnis, die Burg Konradsheim wiederaufzubauen, von Freising nicht in Anspruch genommen.
Das Presbyterium der heutigen Kirche steht vermutlich an der Stelle der einstigen Kapelle der Peilsteiner Burg. Der gotische Kirchenraum, der zunächst etwa die Hälfte des heutigen Hauptschiffes umfaßt hatte, wurde um 1400 auf das jetzige Ausmaß verlängert und um 1500 um das Seitenschiff erweitert. Ihre heutige bauliche Gestalt erhielt die Bergkirche erst in den Jahren 1785-1790: An der Westseite wurde die Orgelempore und der Turm angebaut, in Verlängerung des Seitenschiffes die Sakristei.
Konradsheim ist eine josefinische Pfarre: Im Jahre 1783 wurde die Nikolauskirche zur "Lokalkaplanei" erhoben und erhielt einen eigenen Seelsorger. Vorher war sie Filialkirche von Waidhofen/Ybbs gewesen.
Das älteste Einrichtungsstück der Konradsheimer Kirche ist ein gotisches Vortragskreuz, geschaffen um das Jahr 1500. Das Bild über der Sakristeitür, den hl. Isidor darstellend, hat der Waidhofner Maler Wolf Nikolaus Turmann (1648-1720) im Jahr 1701 gemalt. Bemerkenswert ist weiters noch der Taufstein mit dem schönen Volutendeckel. Er wurde im März 1785 gesetzt. Die Kirchenstühle stammen aus dem Jahre 1788. Über die Herkunft der Kreuzwegbilder gibt es bisher keine Hinweise. Vom Seitenaltar aus dem Jahr 1800 sind die Statuen der hll. Antonius und Franziskus (an der Mittelsäule), sowie zwei Wechselbilder (Geburt Christi und Dreifaltigkeit) und das Hauptbild der Kreuzigung Christi erhalten geblieben.
Die neugotische Einrichtung der Kirche stammt vom Südtiroler Bildhauer Josef Rifesser (1851-1919) aus St. Ulrich im Grödnertal: Der Hochaltar trägt im Zentrum den Kirchenpatron, den hl. Nikolaus, flankiert von Johannes d. T. (rechts) und dem hl. Leonhard (links). Der Schrein des Seitenaltares ist als Lourdes-Grotte gestaltet mit einer Darstellung der hl. Maria, die Flügel zeigen auf der Innenseite die hll. Joachim und Anna, auf der Außenseite die hll. Josef und Maria. Die Kanzel trägt die Bilder der vier Evangelisten. Beide Altäre und die Kanzel wurden am 6. Dezember 1900 feierlich geweiht. Vom selben Südtiroler Bildhauer wurden 1901 die beiden Statuen der Herz Jesu- und Herz Mariä-Darstellungen geschaffen.
Die Orgel hat der Ybbser Orgelbauer Max Jakob (1847-1918) im Jahre 1903 aufgestellt. Das 1-manualige Werk hat 9 Register. Es wurde von einigen Jahren einer gründlichen Reparatur unterzogen.
Im Turm der Kirche hängen 4 Glocken, die alle in der Glockengießerei St. Florian gegossen wurden: Die größte mit 426,5 kg (Ton A) ist dem hl. Nikolaus geweiht, 194 kg (Ton Cis) wiegt die Ave-Glocke, das Bild des hl. Josef trägt die mit 122 kg (Ton E) zweitkleinste Glocke. Diese drei Glocken wurden 1949 aufgehängt. Die kleinste Glocke stammt aus dem Jahr 1976, sie wiegt 80 kg (Ton Fis) und ist der hl. Barbara geweiht.
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